• Facebook
  • linkedin
  • YouTube

Výskyt línie SARS-CoV-2 B.1.1.7

Spojené štáty americké, 29. december 202012. januára 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

15. januára 2021 bola táto správa zverejnená ako MMWRSkoré vydanie na webovej stránke MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

14. decembra 2020 o tom informovalo Spojené kráľovstvoobávaný variant SARS-CoV-2 (VOC), línia B.1.1.7,označované aj ako VOC 202012/01 alebo 20I/501Y.V1.*Odhaduje sa, že variant B.1.1.7 vznikol v septembri2020 a rýchlo sa stal dominantným v obehuVariant SARS-CoV-2 v Anglicku (1).B.1.1.7 bolzistené vo viac ako 30 krajinách vrátane Spojených štátov amerických.Akoz 13. januára 2021 má približne 76 prípadov B.1.1.7zistili v 12 štátoch USA.Viacero dôkazových líniínaznačujú, že B.1.1.7 sa prenáša efektívnejšie ako súiné varianty SARS-CoV-2 (13).Modelovaná trajektóriatento variant v USA vykazuje rýchly rast začiatkom roku 2021,sa v marci stáva prevládajúcim variantom.ZvýšenáPrenos SARS-CoV-2 môže ohroziť napätú zdravotnú starostlivosťzdrojov, vyžadujú rozšírenú a dôslednejšiu implementáciustratégií verejného zdravia (4) a zvýšiť percentoimunita populácie potrebná na kontrolu pandémie.Prijímanieopatrenia na zníženie prenosu teraz môžu tento potenciál zmenšiťvplyv B.1.1.7 a poskytnúť kritický čas na zvýšenie očkovacej látkypokrytie.Spoločne posilnený genomický dohľadv kombinácii s neustálym dodržiavaním efektívnej verejnostizdravotné opatrenia vrátane očkovania, fyzického odstupu,používanie rúšok, hygiena rúk a izolácia a karanténasú nevyhnutné na obmedzenie šírenia vírusu SARS-CoV-2ktorý spôsobuje ochorenie koronavírusom 2019 (COVID-19).Strategickýtestovanie osôb bez príznakov, ale s vyšším rizikominfekciou, ako sú tí, ktorí boli vystavení SARS-CoV-2 alebo ktorí majúčastý nevyhnutný kontakt s verejnosťou, poskytuje ďalšiemožnosť obmedziť prebiehajúce šírenie.

Globálny genomický dohľad a rýchle zdieľanie s otvoreným zdrojomVírusové genómové sekvencie uľahčili takmer v reálnom časedetekcia, porovnanie a sledovanie vyvíjajúceho sa SARS-CoV-2varianty, ktoré môžu informovať o úsilí verejného zdravia o kontrolupandemický.Zatiaľ čo niektoré mutácie vo vírusovom genómesa objavia a potom ustúpia, iní môžu poskytnúť selektívnu výhodustupňa k variantu vrátane zvýšenej priepustnosti, abytakýto variant môže rýchlo dominovať nad ostatnými cirkulujúcimi variantmi.

Na začiatku pandémie varianty SARS-CoV-2 obsahujúcemutácia D614G v spike (S) proteíne, ktorá sa zvyšujeavidita väzby na receptor sa u mnohých rýchlo stala dominantnougeografické regióny (5,6).Koncom jesene 2020 viaceré krajiny hlásili odhalenieVarianty SARS-CoV-2, ktoré sa šíria efektívnejšie.Navyšek variantu B.1.1.7, pozoruhodné varianty zahŕňajú B.1.351línia prvýkrát zistená v Južnej Afrike a nedávno identifikovanáB.1.1.28 podklad (premenovanýP.1) zistené u štyroch cestujúcichz Brazílie počas bežného premietania v Hanede (Tokio)LETISKO.§ Tieto varianty nesú konšteláciu genetických mutáciíiónoch, vrátane väzbovej domény S proteínového receptora,ktorý je nevyhnutný pre väzbu na hostiteľskú bunku angiotenzín-receptor konvertujúceho enzýmu-2 (ACE-2) na uľahčenie vírusuvstup.Dôkazy naznačujú, že sa v nich našli aj iné mutácievarianty môžu poskytnúť nielen zvýšenú prenosnosť, ale ajmôže tiež ovplyvniť výkon niektorých diagnostik v reálnom časereverzná transkripciapolymerázová reťazová reakcia (RT-PCR)testya znížiť náchylnosť na neutralizačné protilátky(2,3,510).Nedávna kazuistika dokumentovala prvý prípadReinfekcia SARS-CoV-2 v Brazílii variantom SARS-CoV-2ktorý obsahoval mutáciu E484K,** čo bolo preukázanéna zníženie neutralizácie rekonvalescentnými sérami a monoklonálnymiprotilátky (9,10).

Táto správa sa zameriava na vznik variantu B.1.1.7v Spojených štátoch.Od 12. januára 2021 aniB.1.351 ani varianty P.1 neboli detegované vSpojené štáty.Informácie o vznikajúcom SARS-CoV-2Obavy, CDC udržiava webovú stránku venovanúposkytovanie informácií o vznikajúcich variantoch SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 rodokmeň (20I/501Y.V1)

Variant B.1.1.7 nesie mutáciu v proteíne S(N501Y), ktorý ovplyvňuje konformáciu väzby na receptordomény.Tento variant má 13 ďalších mutácií definujúcich líniu B.1.1.7 (tabuľka), z ktorých niekoľko je v proteíne S,vrátane delécie na pozíciách 69 a 70 (del6970) tosa spontánne vyvinul v iných variantoch SARS-CoV-2 a jepredpokladá zvýšenie prenosnosti (2,7).Vymazaniena pozíciách 69 a 70 spôsobuje zlyhanie cieľa S-génu (SGTF)v aspoň jednej RT-PCRdiagnostickým testom (tj sTest ThermoFisher Taq Path COVID-19, variácia B.1.1.7ant a ďalšie varianty s del6970 produkuje negatívvýsledok pre cieľ S-génu a pozitívny výsledok pre ďalšie dvaciele);SGTF slúžila ako zástupca v Spojenom kráľovstvena identifikáciu prípadov B.1.1.7 (1).Viaceré dôkazy naznačujú, že B.1.1.7 je viacefektívne prenášané v porovnaní s inými SARS-CoV-2varianty obiehajúce v Spojenom kráľovstve.Regióny Spojeného kráľovstva svyšší podiel sekvencií B.1.1.7 mal rýchlejšiu epidémiurast ako v iných oblastiach, diagnózy s SGTF sa zvýšilirýchlejšie ako diagnostiky bez SGTF v rovnakých oblastiach a avyšší podiel kontaktov bol infikovaný indexovými pacientmis B.1.1.7 infekciami ako u indexových pacientov infikovanýchiné varianty (1,3).Variant B.1.1.7 má potenciál zvýšiť panorámu USAdemickú trajektóriu v najbližších mesiacoch.Na ilustráciu tohto efektu,bol vyvinutý jednoduchý dvojvariantový kompartmentový model.Súčasná prevalencia B.1.1.7 v USA medzi všetkými cirkulujúcimivírusov je neznámy, ale predpokladá sa, že je <0,5 % na základeobmedzený počet zistených prípadov a údaje SGTF (8).Prev modeli počiatočné predpoklady zahŕňali prevalenciu B.1.1.70,5 % spomedzi všetkých infekcií, imunita voči SARS-CoV-2predchádzajúca infekcia 10%30%, časovo premenlivá reprodukciačíslo (Rt) 1,1 (zmiernený, ale zvyšujúci sa prenos)alebo 0,9 (klesajúci prenos) pre súčasné varianty a uvádza sa výskyt 60 prípadov na 100 000 osôb za deň1. januára 2021. Tieto predpoklady presne nereprezentujúakékoľvek jedno miesto v USA, ale skôr naznačujú zovšeobecneniepodmienky bežné v celej krajine.Zmena Rt prebehlačas vyplývajúci zo získanej imunity a zvyšovania prevaB.1.1.7, bol modelovaný s predpokladom B.1.1.7 Rtbyť konštantný 1,5-násobok Rt súčasných variantov, na základepočiatočné odhady zo Spojeného kráľovstva (1,3).Ďalej bol modelovaný potenciálny vplyv očkovaniaza predpokladu, že bol podaný 1 milión dávok vakcínydeň počnúc 1. januárom 2021 a že 95 % imunitasa dosiahla 14 dní po podaní 2 dávok.konkrétneimunitu proti infekcii buď súčasnými variantmi aleboPredpokladal sa variant B.1.1.7, hoci účinnosť atrvanie ochrany pred infekciou zostáva neisté,pretože to nebol primárny koncový bod klinických štúdiípre počiatočné vakcíny.V tomto modeli je prevalencia B.1.1.7 spočiatku nízka, ale pretoje prenosnejší ako sú súčasné varianty, vykazujerýchly rast začiatkom roku 2021, ktorý sa stáva vari prevládajúcimmravca v marci (obrázok 1).Či prenos prúduvariantov rastie (počiatočné Rt = 1,1) alebo pomaly klesá(počiatočné Rt = 0,9) v januári vedie B.1.1.7 k podstatnej zmenev trajektórii prenosu a novej fáze exponenciályrast.Pri očkovaní, ktoré chráni pred infekciou,skoré trajektórie epidémie sa nemenia a B.1.1.7 sa šírisa stále vyskytuje (obrázok 2).Avšak po tom, čo sa B.1.1.7 stanedominantný variant, jeho prenos bol podstatne znížený.Vplyv očkovania na zníženie prenosu v blízkom okolítermín bol najvyšší v scenári, v ktorom bol prenosuž klesá (počiatočné Rt = 0,9) (obrázok 2).Skoré snahy, žemôže obmedziť šírenie variantu B.1.1.7, ako sú univerzálne azvýšený súlad so stratégiami zmierňovania verejného zdravia,umožní viac času na prebiehajúce očkovanie dosiahnuť vyššieimunita na úrovni populácie.

Diskusia

V súčasnosti nie je známy rozdiel v klinických výsledkochspojené s opísanými variantmi SARS-CoV-2;však,vyššia rýchlosť prenosu povedie k väčšiemu množstvu prípadovcelkový počet osôb, ktoré potrebujú klinickú starostlivosť, exacerznižovanie záťaže už aj tak napätého systému zdravotnej starostlivosti,a výsledkom je viac úmrtí.Pokračujúce sledovanie genómuidentifikovať prípady B.1.1.7, ako aj vznik inýchvariant znepokojenia v Spojených štátoch, je dôležitý preReakcia verejného zdravia na COVID-19.Zatiaľ čo výsledky SGTFmôže pomôcť identifikovať potenciálne B.1.1.7 prípady, ktoré možno potvrdiťsekvenovaním, identifikáciou prioritných variantov, ktoré sa nevykazujúSGTF sa spolieha výlučne na dohľad na základe sekvencie.

 

 

 

Označenie variantu

Prvá identifikácia  

Charakteristické mutácie

(proteín: mutácia)

Počet aktuálnych prípadov s potvrdením poradia č

krajiny s

sekvencie

Poloha Dátum Spojené štáty celosvetovo  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Spojene kralovstvo september 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) južná Afrika október 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

S.1 (20J/501Y.V3 Brazília a Japonsko Január 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Skratky: del = vymazanie;E = obalový proteín;N = nukleokapsidový proteín;ORF = otvorený čítací rámec;S = spike proteín.

Skúsenosti zo Spojeného kráľovstva a modely B.1.1.7prezentované v tejto správe ilustrujú nákazlivejší vplyvvariant môže mať počet prípadov v populácii.Thezvýšená priepustnosť tohto variantu vyžaduje ešte viacdôsledná kombinovaná implementácia očkovania a zmierneniaopatrenia (napr. odstup, maskovanie a hygiena rúk)na kontrolu šírenia SARS-CoV-2.Tieto opatrenia budúúčinnejšie, ak sa zavedú skôr ako neskôrspomaliť počiatočné šírenie variantu B.1.1.7.Úsilie opripraviť systém zdravotnej starostlivosti na ďalšie výkyvy v prípadoch, keď súzaručené.Zvýšená priepustnosť znamená aj vyššiumusí byť dosiahnuté zaočkovaniedosiahnuť rovnakú úroveň kontroly chorôb na ochranu verejnostiv porovnaní s menej prenosnými variantmi.V spolupráci s akademickými, priemyselnými, štátnymi, územnými,kmeňových a miestnych partnerov, CDC a iných federálnych agentúrkoordinujú a zlepšujú genómový dohľad asnahy o charakterizáciu vírusov v Spojených štátoch.CDCkoordinuje úsilie USA o sekvenovanie prostredníctvom SARS-CoV-2Sekvenovanie pre núdzovú reakciu verejného zdravia,Epidemiológia a dohľad (SPHERES)§§konzorcium,ktorá zahŕňa približne 170 zúčastnených inštitúcií a podporuje otvorené zdieľanie údajov s cieľom uľahčiť používanie SARS-CoV-2sekvenčné dáta.Na sledovanie vývoja vírusu SARS-CoV-2 je to CDCimplementovať mnohostranný genomický dohľad, aby sme pochopiliepidemiologické, imunologické a evolučné procesyktoré formujú vírusové fylogenézy (fylodynamiku);sprievodné ohniskovyšetrovania;a uľahčiť detekciu a charakterizáciumožné reinfekcie, prípady prelomu očkovania avznikajúce vírusové varianty.V novembri 2020 vzniklo CDCnárodný program sledovania kmeňa SARS-CoV-2 (NS3).zlepšiť reprezentatívnosť domáceho SARS-CoV-2sekvencie.Program spolupracuje so 64 americkou verejnosťouzdravotnícke laboratóriá na podporu systému sledovania genómu;NS3 tiež buduje zbierku vzoriek SARS-CoV-2 asekvencie na podporu reakcie verejného zdravia a vedeckévýskum na vyhodnotenie vplyvu príslušných mutácií naexistujúce odporúčané lekárske protiopatrenia.CDC mátiež uzavrel zmluvu s niekoľkými veľkými komerčnými klinickými laboratóriamina rýchle sekvenovanie desiatok tisíc SARS-CoV-2pozitívnych vzoriek každý mesiac a financoval sedem akademickýchinštitúcie, aby v partnerstve vykonávali genomický dohľads agentúrami verejného zdravotníctva, čím sa podstatnedostupnosť včasných údajov o genomickom dohľade z celého svetaSpojené štáty.Okrem týchto národných iniciatívmnohé štátne a miestne agentúry verejného zdravotníctva postupujú

OBRÁZOK 1. Simulované trajektórie výskytu prípadov* súčasných variantov SARS-CoV-2 a variantu B.1.1.7,za predpokladu, že neexistuje komunitné očkovaniea buď počiatočné Rt = 1,1 (A) alebo počiatočné Rt = 0,9 (B) pre súčasné variantySpojené štáty, januárapríla 2021

 

postava 1
obrázok 2
skratky
postava 1

SARS-CoV-2 na lepšie pochopenie miestnej epidemiológie apodporiť reakciu verejného zdravia na pandémiu.Na zistenia v tejto správe sa vzťahujú najmenej tri limitystaníc.Po prvé, veľkosť zvýšenia transmisibilv Spojených štátoch v porovnaní s tým, ktorý sa pozoruje v USASpojené kráľovstvo zostáva nejasné.Po druhé, prevalenciaB.1.1.7 v Spojených štátoch je v súčasnosti tiež neznámy, aledetekcia variantov a odhad prevalencie sa zlepšíso zvýšeným úsilím USA o dohľad.Nakoniec miestna mitigaopatrenia sú tiež veľmi variabilné, čo vedie k rozdielomRt.Konkrétne výsledky tu uvedené sú založené na simuláciia nepredpokladali žiadne zmeny v zmierňovaní po 1. januári.Zvýšená prenosnosť variantu vojny B.1.1.7obhajuje dôslednú implementáciu stratégií verejného zdraviaznížiť prenos a znížiť potenciálny vplyv B.1.1.7,nákup kritického času na zvýšenie zaočkovanosti.CDC'Súdaje z modelovania ukazujú, že univerzálne použitie a zvýšená súladopatrenia na zmiernenie a očkovanie sú kľúčovépodstatne znížiť počet nových prípadov a úmrtínajbližšie mesiace.Ďalej strategické testovanie osôb bezpríznaky COVID-19, ale ktorí sú vystavení zvýšenému rizikuinfekcia SARS-CoV-2, poskytuje ďalšiu príležitosťobmedziť prebiehajúce šírenie.Spoločne vylepšený genómový dohľadv kombinácii so zvýšeným súladom s verejným zdravímzmierňovacie stratégie vrátane očkovania, fyzického odstupupoužívanie rúšok, hygiena rúk a izolácia a karanténa,bude nevyhnutné na obmedzenie šírenia SARS-CoV-2 aochrany verejného zdravia.

Poďakovanie

Členovia Sekvenovania pre núdzové situácie v oblasti verejného zdraviakonzorcium Response, Epidemiology and Surveillance;štátne a miestnelaboratóriá verejného zdravia;Asociácia laboratórií verejného zdravotníctva;tím reakcie CDC na COVID-19;Pobočka respiračných vírusov,Divízia vírusových chorôb, CDC. Formulár výboru redaktorov lekárskych časopisov na zverejnenie potenciálnychkonflikt záujmov.Nezverejnili sa žiadne potenciálne konflikty záujmov.

Referencie

1. Verejné zdravie Anglicko.Vyšetrovanie nového variantu SARS-CoV-2: obávaný variant 202012/01, technický brífing 3. Londýn, Spojené kráľovstvo: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP a kol.Opakovaný výskyt a prenos delécie ΔH69/V70 hrotu SARS-CoV-2.bioRxiv[Preprint zverejnený online 14. januára 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M a kol.Prenos SARS-CoV-2 línie B.1.1.7 v Anglicku: poznatky z prepojenia epidemiologických a genetických údajov.medRxiv [Preprint zverejnený online 4. januára 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, a kol.;Tím reakcie CDC na COVID-19.Súhrn usmernení pre stratégie verejného zdravia na riešenie vysokých úrovní komunitného prenosu SARS-CoV-2 a súvisiacich úmrtí, december 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr2.
5. Volz E, Hill V, McCrone JT a kol.;COG-UK konzorcium.Hodnotenie účinkov špičkovej mutácie SARS-CoV-2 D614G na prenosnosť a patogenitu.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, a kol.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Sledovanie zmien v náraste SARS-CoV-2: dôkaz, že D614G zvyšuje infekčnosť vírusu COVID-19.Bunka
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, a kol.Prirodzené delécie v glykoproteínovej riadiacej protilátke SARS-CoV-2 unikajú.bioRxiv [Preprint zverejnený online 19. novembra 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu Vzory vypadávania génov JT.S v testoch SARS-CoV-2 naznačujú šírenie mutácie H69del/V70del v USA.medRxiv [Preprint zverejnený online 30. decembra 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, a kol.Uniknite pred neutralizačnými protilátkami variantmi vrcholového proteínu SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, a kol.Komplexné mapovanie mutácií v doméne viažucej receptor SARS-CoV-2, ktoré ovplyvňujú rozpoznávanie polyklonálnymi protilátkami ľudského séra.bioRxiv [Preprint zverejnený online 4. januára 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Čas odoslania: 11. február 2021