1. Zistite absorbanciu roztoku RNA

Absorbancia pri 280, 320, 230 a 260 nm predstavuje hodnoty nukleovej kyseliny, pozadia (zákal roztoku), koncentrácie soli a organickej hmoty, ako je proteín.Vo všeobecnosti sa pozrite len na OD260/OD280 (pomer, R).Keď je 1,8~2,0, myslíme si, že kontamináciu proteínom alebo inou organickou hmotou v RNA možno tolerovať, ale treba poznamenať, že keď sa Tris použije ako pufor na detekciu absorbancie, hodnota R môže byť väčšia ako 2 (vo všeobecnosti by mala byť <2,2).Keď R<1,8, znečistenie proteínom alebo inou organickou hmotou v roztoku je zreteľnejšie a osud RNA sa dá určiť podľa potrieb.Keď R>2,2, znamená to, že RNA bola hydrolyzovaná na jednu nukleovú kyselinu.
 
2. Elektroforetický vzor RNA
Vo všeobecnosti sa na elektroforézu RNA používa denaturačný gél, ale ak ide len o detekciu kvality RNA, denaturačný gél nie je potrebný a možno použiť bežný agarózový gél.Účelom elektroforézy je zistiť integritu pásov 28S a 18S a ich pomer, prípadne integritu náteru mRNA.Vo všeobecnosti, ak sú pásy 28S a 18S jasné, jasné a ostré (s odkazom na okraje pásov sú jasné) a jasnosť 28S je viac ako dvojnásobná v porovnaní s pásom 18S, považujeme kvalitu RNA za dobrú.
Vyššie uvedené sú dve metódy, ktoré bežne používame, ale žiadna z týchto dvoch metód nám nemôže jasne povedať, či je v roztoku RNA zvyšková RNáza.Ak je v roztoku veľmi malé množstvo RNázy, je pre nás ťažké ju detegovať vyššie uvedenou metódou, ale väčšina následných enzymatických reakcií sa uskutočňuje pri teplote nad 37 stupňov a dlho.Týmto spôsobom, ak je v roztoku RNA veľmi malé množstvo RNázy, potom bude veľmi vhodné prostredie a čas na to, aby zohrali svoju úlohu v nasledujúcich experimentoch, a samozrejme, že experiment bude v tomto čase studený.Nižšie uvádzame metódu, ktorá môže potvrdiť, či je v roztoku RNA zvyšková RNáza.
 
3. Skúška tepelnej ochrany
Podľa koncentrácie vzorky odoberte z roztoku RNA dve 1000 ng RNA a pridajte ich do 0,5 ml centrifugačnej skúmavky a doplňte Tris pufrom s pH 7,0 na celkový objem 10 ul a potom uzavrite uzáver skúmavky.Jeden z nich vložte do vodného kúpeľa s konštantnou teplotou 70 °C a udržiavajte ho teplý 1 hodinu.Druhá časť bola uložená v chladničke -20 °C počas 1 hodiny.Po uplynutí času odoberte dve vzorky na elektroforézu.Po dokončení elektroforézy porovnajte elektroforetické pásy oboch.Ak sú pásy týchto dvoch konzistentné alebo nemajú žiadny významný rozdiel (samozrejme, ich pásy spĺňajú podmienky v metóde 2), znamená to, že v roztoku RNA nie je žiadna zvyšková kontaminácia RNázou a kvalita RNA je veľmi dobrá.Naopak, ak vzorka inkubovaná pri 70 °C vykazuje zjavnú degradáciu, znamená to, že v roztoku RNA je kontaminácia RNázou.
 
2 Experimentálne metódy a techniky extrakcie RNA
Problémy, s ktorými sa často stretávame pri extrakcii RNA, sú: (1) výťažok RNA je nízky;(2) RNA má vážne znečistenie soľou;(3) RNA má vážne znečistenie organickými rozpúšťadlami;(4) degradácia vzorky a iné problémy
 
1. Bežne používané činidlá na extrakciu celkovej RNA
Metóda guanidín izotiokyanát a metóda Trizol sú najčastejšie používané metódy na extrakciu celkovej RNA zo živočíšnych tkanív a živočíšnych buniek.Je obzvlášť vhodný pre malé vzorky a tkanivá, ktoré je obzvlášť ťažké extrahovať, ako je extrakcia celkovej RNA z králičej kože a zvieracieho spojivového tkaniva;okrem toho sa môže Trizol ako univerzálne lyzačné činidlo použiť aj na extrakciu rastlinných tkanív, baktérií, húb a iných tkanív.Pre rastlinné tkanivá obsahujúce polysacharidy a polyfenoly, ako je kamélia olejná, čajové listy, repka atď., možno na extrakciu celkovej RNA použiť aj metódu CTAB.

Ako konvenčná metóda je dvojkolónová metóda tiež veľmi populárna vďaka svojej normálnej teplote, nie je potrebné pridávať RNázu a bezpečnosti – bez chloroformu, fenolov a iných organických činidiel na extrakciu.(odporúčané produkty )